Sim, os cursos ministrados na Academia da Força Aérea foram avaliados pela Comissão Nacional de Avaliação do Ensino Superior (CNAVES), no âmbito da Fundação das Universidades Portuguesas (FUP), de que a AFA faz parte. O curso de Piloto Aviador (PILAV) é reconhecido pelo Instituto Nacional da Aviação Civil. Os cursos de Engenharia Aeronáutica (ENGAER), Engenharia Eletrotécnica (ENGEL) e Engenharia de Aeródromos (ENGAED) estão acreditados pela Ordem dos Engenheiros. O curso de Administração Aeronáutica (ADMAER) está acreditado pela Ordem dos Economistas e pela Câmara dos Técnicos Oficiais de Contas. O curso de Medicina (MED) está acreditado pela Ordem dos Médicos.