A AFA, no âmbito das suas múltiplas atividades, relaciona-se com os outros estabelecimentos de ensino superior militar, e também com entidades civis e militares, nacionais e estrangeiras, tendo em vista o ensino, a cooperação em projetos de investigação e o intercâmbio de experiências e processos formativos. Para além do Instituto Superior Técnico, do Instituto Superior de Economia e Gestão e da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, onde os alunos da AFA frequentam parte dos cursos, a AFA mantém diversos convénios e protocolos com instituições de referência no ensino superior e com centros de investigação, nacionais estrangeiros.

A colaboração com o Instituto Superior de Economia e Gestão foi recentemente alargada à execução de exercícios de liderança, para os alunos do MBA, o que constituiu uma oportunidade de abrir as portas da AFA a um grupo significativo de quadros, trocar experiências e fomentar o conhecimento mútuo.

A Academia é membro da EUAFA, Associação das Academias das Forças Aéreas Europeias.

Desde há alguns anos, a AFA integra no seu Corpo de Alunos, cadetes oriundos dos países africanos de língua oficial portuguesa, que frequentam os seus cursos nas diversas especialidades.

Num outro campo de atividade, a cooperação militar com a República Popular de Moçambique, assessoramos o projeto para o apoio à organização e funcionamento, na Academia Militar Marechal Samora Machel em Nampula, na licenciatura de piloto aviador. Neste projeto, com grande envolvimento da Força Aérea e da Academia, foram criados os alicerces para o arranque deste curso já em fevereiro, mediante a constituição de um núcleo de medicina aeronáutica e outro de psicologia aeronáutica, e de todo o programa da licenciatura e respetivos conteúdos programáticos. A AFA tem feito toda a coordenação deste programa de cooperação quer na deslocação de militares a Nampula quer na cedência de material didático e de apoio ao seu funcionamento.